Die Steuerung kann per Gamepad oder Tastatur erfolgen. Die Pfeiltasten dienen zur Bewegung, die Leertaste zum Springen und Strg zum Rennen bzw. Schießen. Neue Leben gibt es durch 100 gesammelte Münzen oder grüne Pilze. Der Stern macht zwar kurze Zeit unverwundbar, bringt aber keine Leben ab einer bestimmten Anzahl überrannter Gegner. Mit dabei sind natürlich auch der vergrößernde Pilz, die Feuerblume und zahlreiche bekannte Gegner. Ansonsten ist Mega Mario genau das, was man erwartet: ein typischer Super Mario-Clone. Mit dem enthaltenen Leveleditor können eigene Level erstellt werden.